Ein Referendum zur Verfassungsänderung, das Ramos eine zweite Amtszeit ermöglicht hätte, wurde im März 1997 vom Obersten Gericht abgelehnt; der Weg war frei für den volkstümlichen Joseph Estrada - und den Marcos-Clan: 2 Kinder des Ex-Diktators errangen im Mai 1998 überzeugende Siege bei den Parlaments- und Gouverneurswahlen.

Bewaffnete Entführer haben am 23. April 2000 mindestens 20 Personen verschleppt, darunter 3 Deutsche. Bei den Geiselnehmern handelt es sich um Angehörige der moslemischen Separatistengruppe Abu Sijjaf, die im Süden der Philippinen operiert. Die Gruppe mit einer geschätzten Stärke von 1000 Kämpfern will einen islamischen Religionsstaat in den überwiegend katholischen Philippinen errichten. Am 20. Januar 2001 tritt Estrada nach massiven Protesten der Opposition von seinem Amt als Staatspräsident zurück; noch am gleichen Tage wird seine Stellvertreterin Gloria Macapagal-Arroyo zur Staatspräsidentin vereidigt.

Der philippinische Kongress hat Amtsträgerin Gloria Macapagal Arroyo 2004 zur Siegerin bei der Präsidentschaftswahl erklärt. In einer Nachtsitzung erklärten die beiden Kammern des Parlaments die Auszählung der Wahl vom 10. Mai 2004 für gültig. Nach dieser hat Arroyo die Wahl mit einem Vorsprung von 1,12 Millionen Stimmen vor ihrem stärksten Rivalen, dem Schauspieler Fernando Poe, gewonnen.
Die Opposition hatte gefordert, dass die vom Parlament organisierte Stimmenauszählung für nichtig erklärt werden sollte. Sie wirft der Regierung Wahlmissbrauch vor und beharrt darauf, dass Poe mit einem Vorsprung von 500 000 Stimmen die Wahl für sich entschieden hat. Das Oberste Gericht der Philippinen hatte bereits am Montag den sich abzeichnenden Wahlsieg von Arroyo bestätigt. Die Präsidentin hatte nach der Gerichtsentscheidung ihre politischen Gegner aufgefodert, zur Einheit des Landes beizutragen.